Käsitteiden analytiikassa tutkimuksen kohteena on ymmärryksen kyky. Tämän tutkimuksen taustana on skolastinen ongelma abstraktiivisen ja intuitiivisen kognition yhteensovittamisesta. Intuitiivisella kognitiolla tarkoitettiin aistimellisuuden tarjoamaa, yksilöihin välittömästi kohdistuvaa tietoisuutta. Abstraktiivisen kognition taas ajateltiin olevan ymmärryksen tuottamaa, universaaleihin kohdistuvaa ajattelua. Kant kuvaa tätä eroa Käsitteiden analytiikan ensimmäisessä luvussa (A 68/B 93) selittämällä, että ymmärryksen kognitio on kognitiota käsitteiden avulla. Kant toteaa, että käsitteet kohdistuvat ajattelun kohteeseen jonkin muun representaation välityksellä, ja ainoastaan intuitio voi kohdistua kohteeseen välittömästi. Kant toisin sanoen hyväksyy skolastisen käsityksen, jonka mukaan ymmärryksen varsinaisena kohteena ovat universaalit. Kant muotoilee tämän käsityksen niin, että ymmärrys on kyky muodostaa kognitioita yleisestä. Tämä tapahtuu abstrahoimalla aistimellisuuden tarjoamasta materiasta käsitteitä, joita ymmärrys (laajassa merkityksessään intellektinä) käyttää arvostelmissa. Hyväksymällä tämän käsityksen Kant kohtaa saman äärelle kuin skolastikotkin. Hänen on kyettävä selittämään, miten ymmärryksen yleiset representaatiot voivat yhdistyä välittömään, yksilökohteisiin kohdistuvaan intuitioon.

Ongelman lähteenä on aistimellisuuden ja ymmärryksen representaatioiden heterogeenisyys eli erilaijisuus. Skolastisessa filosofiassa tämä erilajisuus ajateltiin materian ja muodon erona. Intellektin (tai ymmärryksen) ajateltiin olevan aineeton sielu, kun taas aistien ajateltiin tuottavan aineellisia representaatioita havaitsijan aineellisesta ympäristöstä. Kun ymmärryksen varsinaisten kohteiden ajateltiin olevan universaaleja, aineellisten yksilökohteiden yhdistäminen niihin arvostelmissa vaati selitystä. Esimerkiksi arvostelmassa ”Caius on kuolevainen” kuolevaisuus on universaali ja siten ymmärryksen kohde. Caius sen sijaan on yksilö, joten muodostaakseen mainitun arvostelman ymmärryksen on voitava ottaa kohteekseen sekä universaali että yksilö.

Käsitteiden analytiikan menetelmä tulee ymmärrettäväksi tätä taustaa vasten. Kantin menetelmänä on analysoida ymmärryksen kykyä itseään, ei sen muodostamia käsitteitä. Samoin kuin Suárez, Kant ajattelee, että yksilöiden ottaminen ymmärryksen kohteeksi ei kuulu logiikan alaan, vaan se edellyttää mielen kykyjä koskevaa tutkimusta. Kant kylläkin ajattelee, että hänen tutkimuksensa kuuluu transsendentaaliseen logiikkaan, mutta hän tarkoittaa tällä erityistä logiikkaa, joka ei kuulu yleiseen logiikkaan. Transsendentaalisen logiikan analyyttinen osa tutkii kohteen ajattelemisen edellytyksiä analysoimalla ymmärryksen kykyä, ja se on Kantin muunnos skolastikkojen suorittamasta mielen kykyjen tutkimuksesta logiikan perustana.

Käsitys universaaleista ymmärryksen varsinaisina kohteina on Käsitteiden analytiikan perusta, vaikka Kantin käsitys ymmärryksen luonteesta onkin erilainen kuin skolastikoilla. Kant ei enää ajattele, että intuitiivinen kognitio kohdistuisi mielestä riippumattomaan todellisuuteen. Myös hänen käsityksensä aistimellisuuden ja ymmärryksen erosta on erilainen kuin skolastikoilla. Näistä eroista huolimatta Kantin on pystyttävä löytämään selitys, miten ymmärrys voi yhdistää käsitteet, jotka se muodostaa abstrahoimalla, ajallis-avaruudellisiin yksilöihin. Käsitteiden analytiikka tarjoaa tämän selityksen tutkimalla ymmärryksen loogisten representaatioiden ja aistimellisten representaatioiden ykseyksiä.

Skolastisen käsityksen mukaan, jonka esimerkiksi Suárez hyväksyy, universaalit ovat intellektin muodostamia ykseyksiä. Ne muodostuvat ykseydestä ja jaettavuudesta niin, että universaali on yksi monessa. Universaalin ykseyden jakautuminen moneen perustuu alisteisuusrelaatioon. Tässä relaatiossa ylempänä oleva suku (esimerkiksi ”eläin”) sisältyy moneen sen alla olevaan lajiin (esimerkiksi ”ihminen”). Kantin käsitys ymmärryksen toiminnasta perustuu tähän skolastiseen käsitykseen universaaleista. Kantin mukaan kaikki intellektuaaliset ykseydet (käsitteet, arvostelmat ja päätelmät) perustuvat samoihin ykseyden tuottamisen akteihin. Kant kutsuu näitä ykseyksiä loogisiksi funktioiksi. Käsitteiden analytiikan ensimmäisessä luvussa Kant esittelee funktion käsitteen. Hän toteaa, että kaikki ymmärryksen toiminnot voidaan palauttaa arvostelmiin, ja esittelee sitten ymmärryksen arvostelmien tekemisen kykynä, jonka representaatiot kohdistuvat ajattelun kohteisiin aina välillisesti. Toisessa luvussa (§9) Kant etsii nämä funktiot arvostelmien taulukosta, ja kolmannessa luvussa (§10) hänen tarkoituksenaan on osoittaa, että nämä funktiot ovat kategorioina edellytyksiä ajallis-avaruudellisten kohteiden ajattelemiselle.

Käsitteiden analytiikan toisessa pääkappaleessa Kant esittää kategorioiden deduktion. Deduktiossa Kantin tarkoituksena on osoittaa, että ajattelun kohteena olevien ajallis-avaruudellisten yksilökohteiden on välttämättä sovittava yhteen kategorioiden kanssa, siitä huolimatta, että intuitiivisen kognition kohteena olevat ilmentymät eivät ole riippuvaisia ajattelun funktioista.